AKTS - Biyoenformatik

Biyoenformatik (SE446) Ders Detayları

Ders Adı Ders Kodu Dönemi Saati Uygulama Saati Laboratuar Hours Kredi AKTS
Biyoenformatik SE446 Alan Seçmeli 3 0 0 3 5
Ön Koşul Ders(ler)i
N/A
Dersin Dili İngilizce
Dersin Türü Seçmeli Dersler
Dersin Seviyesi Lisans
Ders Verilme Şekli Yüz Yüze
Dersin Öğrenme ve Öğretme Teknikleri Anlatım.
Dersin Koordinatörü
Dersin Öğretmen(ler)i
Dersin Asistan(lar)ı
Dersin Amacı Bu dersin amacı, büyük miktardaki biyolojik verilerin analizi için gereken hesaplamalı teknikler ile ilgili bilgi ve becerilerin kazandırılmasıdır. Bu derste bioenformatikteki hesaplamalı tekniklerin uygulamaları tanıtılacaktır.
Dersin Eğitim Çıktıları Bu dersi başarıyla tamamlayabilen öğrenciler;
  • DNA ve protein dizilerini hizalama tekniklerini uygulama
  • Filogenetik ağaçları oluşturma
  • Protein yapılarını kestirme tekniklerini uygulama
  • Bioenformatikte kullanılan kümeleme yöntemleri ile ilgili beceriler kazanma
  • Gen/protein ağlarını analiz etme
Dersin İçeriği DNA ve protein dizilerini hizalama, filogenetik ağaçları, protein yapılarını kestirme, motif bulma, DNA mikroçip veri analizi, gen/protein ağları.

Haftalık Konular ve İlgili Ön Hazırlık Çalışmaları

Hafta Konular Ön Hazırlık
1 Temel bilgiler Bölüm 1,2,3 (ana kaynak)
2 Dizi hizalama ve analizi Bölüm 4
3 İkişerli dizi hizalama ve veritabanı arama Bölüm 5
4 İkişerli dizi hizalama ve veritabanı arama Bölüm 5
5 Örüntüler, profiller ve çoklu dizi hizalama Bölüm 6
6 Örüntüler, profiller ve çoklu dizi hizalama Bölüm 6
7 Evrimsel geçmişi elde etme Bölüm 7
8 Filogenetik ağaç oluşturma Bölüm 8
9 Diziden ikincil yapıyı elde etme Bölüm 11
10 İkincil yapıyı kestirme Bölüm 12
11 Protein yapılarını modelleme Bölüm 13
12 Kümeleme yöntemleri ve istatistik Bölüm 16
13 Kümeleme yöntemleri ve istatistik Bölüm 16
14 Sistem biyolojisi Bölüm 17
15 Dönem Sonu Sınav çalışmaları Dönem için konuların tekrarı
16 Dönem Sonu Sınav çalışmaları Dönem için konuların tekrarı

Kaynaklar

Ders Kitabı 1. M. Zvelebil and J. O. Baum, Understanding Bioinformatics, Garland Science, 2008
Diğer Kaynaklar 2. N. C. Jones and P. A. Pevzner, An Introduction to Bioinformatics Algorithms, MIT press, 2004
3. A. M. Lesk, Introduction to Bioinformatics, Oxford University Press, 2002
4. D. Mount, Bioinformatics: Sequence and genome analysis, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001
5. T. Jiang, Y. Xu, and M. Zhang, eds. Current Topics in Computational Molecular Biology, MIT press, 2002

Değerlendirme System

Çalışmalar Sayı Katkı Payı
Devam/Katılım - -
Laboratuar - -
Uygulama - -
Alan Çalışması - -
Derse Özgü Staj - -
Küçük Sınavlar/Stüdyo Kritiği - -
Ödevler 1 20
Sunum - -
Projeler 1 30
Rapor - -
Seminer - -
Ara Sınavlar/Ara Juri 1 20
Genel Sınav/Final Juri 1 30
Toplam 4 100
Yarıyıl İçi Çalışmalarının Başarı Notu Katkısı 70
Yarıyıl Sonu Çalışmalarının Başarı Notuna Katkısı 30
Toplam 100

Kurs Kategorisi

Temel Meslek Dersleri X
Uzmanlık/Alan Dersleri
Destek Dersleri
İletişim ve Yönetim Becerileri Dersleri
Aktarılabilir Beceri Dersleri

Dersin Öğrenim Çıktılarının Program Yeterlilikleri ile İlişkisi

# Program Yeterlilikleri / Çıktıları Katkı Düzeyi
1 2 3 4 5
1 Matematik, fen bilimleri ve ilgili mühendislik disiplinine özgü konularda yeterli bilgi birikimi; bu alanlardaki kuramsal ve uygulamalı bilgileri, karmaşık mühendislik problemlerinde kullanabilme becerisi kazanır.
2 Karmaşık mühendislik problemlerini saptama, tanımlama, formüle etme ve çözme becerisi kazanır; bu amaçla uygun analiz ve modelleme yöntemlerini seçme ve uygulama becerisi kazanır.
3 Karmaşık bir sistemi, süreci, cihazı veya ürünü gerçekçi kısıtlar ve koşullar altında, belirli gereksinimleri karşılayacak şekilde tasarlama becerisi ve bu amaçla modern tasarım yöntemlerini uygulama becerisi kazanır.
4 Endüstri mühendisliği uygulamalarında karşılaşılan karmaşık problemlerin analizi ve çözümü için gerekli olan modern teknik ve araçları geliştirme, seçme ve kullanma becerisi kazanır; bilişim teknolojilerini etkin bir şekilde kullanma becerisi kazanır.
5 Karmaşık mühendislik problemlerinin veya disipline özgü araştırma konularının incelenmesi için deney tasarlama, deney yapma, veri toplama, sonuçları analiz etme ve yorumlama becerisi kazanır.
6 Disiplin içi ve çok disiplinli takımlarda etkin biçimde çalışabilme becerisi ve bireysel çalışma becerisi kazanır.
7 Türkçe sözlü ve yazılı etkin iletişim kurma becerisi; en az bir yabancı dil bilgisi; etkin rapor yazma ve yazılı raporları anlama, tasarım ve üretim raporları hazırlayabilme, etkin sunum yapabilme, açık ve anlaşılır talimat verme ve alma becerisi edinir.
8 Yaşam boyu öğrenmenin gerekliliği bilinci; bilgiye erişebilme, bilim ve teknolojideki gelişmeleri izleme ve kendini sürekli yenileme becerisi kazanır.
9 Etik ilkelerine uygun davranma, mesleki ve etik sorumluluk bilinci kazanır. Endüstri mühendisliği uygulamalarında kullanılan standartlar hakkında bilgi edinir.
10 Proje yönetimi, risk yönetimi ve değişiklik yönetimi gibi, iş hayatındaki uygulamalar hakkında bilgi edinir. Girişimcilik, yenilikçilik hakkında farkındalık kazanır. Sürdürülebilir kalkınma hakkında bilgi edinir.
11 Endüstri mühendisliği uygulamalarının evrensel ve toplumsal boyutlarda sağlık, çevre ve güvenlik üzerindeki etkileri ve çağın mühendislik alanına yansıyan sorunları hakkında bilgi edinir. Mühendislik çözümlerinin hukuksal sonuçları konusunda farkındalık kazanır.
12 İnsan, malzeme, bilgi, teçhizat ve enerji içeren entegre sistemlerin tasarlanması, geliştirilmesi, uygulanması ve iyileştirilmesi konularında beceri kazanır.
13 Sistem entegrasyonunu sağlamaya yönelik uygun analitik ve deneysel yöntemler ile hesaplama yöntemleri konusunda bilgi edinir.

ECTS/İş Yükü Tablosu

Aktiviteler Sayı Süresi (Saat) Toplam İş Yükü
Ders saati (Sınav haftası dahildir: 16 x toplam ders saati) 16 3 48
Laboratuar
Uygulama
Derse Özgü Staj
Alan Çalışması
Sınıf Dışı Ders Çalışma Süresi 16 2 32
Sunum/Seminer Hazırlama
Projeler
Raporlar
Ödevler 3 5 15
Küçük Sınavlar/Stüdyo Kritiği
Ara Sınavlara/Ara Juriye Hazırlanma Süresi 2 10 20
Genel Sınava/Genel Juriye Hazırlanma Süresi 1 15 15
Toplam İş Yükü 130