Fizik Grubu Çalıştayı
06.05.2014

Üniversitemiz Fizik grubu bünyesinde 5 Mayıs 2014 tarihinde bir çalıştay düzenlendi. Üniversitemizi ve Fizik alanında açılacak olan yüksek lisans programını, aynı zamanda öğretim üyelerimizin araştırma alanlarını tanıtmak amacıyla organize edilen bu çalıştaya Orta Doğu Teknik Üniversitesi 3. ve 4. Sınıf Fizik öğrencileri katıldı.

Çalıştay iki bölümde gerçekleştirildi. İlk bölümde Biyofizik Laboratuarında Yrd.Doç.Dr. Filiz Korkmaz rehberliğinde çeşitli uygulamalar yapan öğrenciler, Biyofizik çalışma alanını, yöntemlerini ve kapsamını tanıma imkanı buldular. Biyofizik alanı kapsamı hakkında genel bir bilgi verilmesinin ardından, hücre ve yapıtaşları kısaca tanıtıldı. Ardından bir Biyofizik Laboratuvarı’nın temel teçhizatları, laboratuvar hijyen kuralları ve güvenlik önlemleri hakkında bilgiler verildi. Metodoloji olarak FTIR spektroskopisi üzerine uzmanlaşmış olan Dr. Filiz Korkmaz, spektrometreyi kullanarak öğrencilere balık yağı ve margarin ölçümleri yaptırdı ve moleküler düzeyde nasıl bilgi elde edildiğini gösterdi. Ardından doymuş ve doymamış yağ kavramlarını tartıştıktan sonra yumurta sarısının da ölçümü yapılarak içeriği spektrumlarına bakılarak tahmin edilmeye çalışıldı. Ayrıca her öğrenci çeşitli pH değerlerinde kendi tampon çözeltilerini hazırlayarak, FTIR spektrometresi ile ölçümünü yaptılar.

İkinci bölümde ise Simülasyonlu Fizik alanını tanıtmak üzere öğrencilere Doç.Dr.Hüseyin Oymak tarafından bir seminer verildi. Burada üzerinde çalışmaya değer bir problemin nasıl belirlendiği, probleme analitik olarak nasıl yaklaşıldığı ve çözümün nasıl formüle edildiği, formülasyona uygun bir algoritmanın nasıl geliştirildiği, formülasyonun ve algoritmanın nasıl bir FORTRAN programına dönüştürüldüğü, bu programın bir UNIX/LINUX platformunda nasıl çalıştırıldığı, binlerce programın bir LINUX programında nasıl ardı ardına çalıştırıldığı, elde edilen sonuç dosyalarının FORTRAN ve UNIX komutları sayesinde nasıl kolayca analiz edildiği, elde edilen sonuçların nasıl görselleştirildiği, ve son olarak bu sonuçların nasıl makale haline getirildiği konuları üzerinde duruldu.

Organized by

Atılım UNIVERSITY

Assist. Prof. Dr. Filiz KORKMAZ, Biophysics Laboratory, principle investigator

Assoc. Prof. Dr. Hüseyin OYMAK, Simulations in Physics, principle investigator

Workshop Program

Applications in Biophysics

The main objective of the workshop is to introduce the laboratory environment, basic laboratory equipment in Biophysics Laboratory. Second objective is to gather structural information of familiar substances on the molecular level using Fourier Transform Infrared Spectroscopy.

Some specific topics to be discussed are:

• Components of a cell
• What is buffer?
• Fundamentals in a Biophysics Laboratory
• How to prepare buffer and fix its pH to a desired value
• Proteins
• Lipids- Saturated vs Unsaturated

Simulations in Physics

Determining the minimum energy configurations of N charges placed on a conducting square plate.

Main objective is  to give the student a hands-on experience in using FORTRAN and  LINUX/UNIX platform

Subtitles to be discussed are:

• determining a problem worth studying,
• making a literature survey pertinent to the problem,
• approaching and formulating the problem analytically,
• developing an algorithm,
• converting the analytic formulation & algorithm into a FORTRAN (or C, or PASCAL, …) program,
• essentials of the creation of FORTRAN programs of professional quality, which are well-structured, robust, portable, efficient, and easy to maintain.
• determining a platform to run the FORTRAN code (Windows, LINUX/UNIX platforms and their pros and cons),
• getting acquainting UNIX commands for editing, compiling and executing FORTRAN programs in a UNIX/LINUX platform,
• achieving mass production (i.e., how to run the code hundreds times sequentially) in a UNIX/LINUX platform,
• making effective use of FORTRAN and UNIX together in analyzing huge number of FORTRAN data files,
• visualizing the main results via XBS, GNUPLOT, etc.,
• Publishing & presenting your results (LATEX, MiKTeX, TeXnicCenter, WinEdt, etc.)